Le Fonds semencier a été créé le 26 mai 2005 par décret. Il s'agissait d'un compte d'allocation spécial conçu pour soutenir le développement des activités semencières, la recherche sur les semences, le développement et la conservation des semences locales.

Louis Paul Motaze, ministre des finances du Cameroun a annoncé la clôture « définitive » des activités de l’ex-compte d’affectation spéciale « Fonds semencier », dans un communiqué rendu public. Le Minfi a déclaré que le compte sera remplacé par un « nouveau » dispositif de collecte et de traitement des recettes non fiscales qui était auparavant géré par cette organisation actuellement en préparation.

Selon le membre du gouvernement, « En attendant sa mise en place, et afin de s’assurer la continuité du service public dans la filière semencière, le paiement des prestations y relatives notamment : les redevances provenant des opérations de certification et de tests de conformité des semences ; les frais d’inscription des variétés semencières au catalogue officiel ; les loyers des fermes de multiplication et de diffusion du matériel végétal ; les frais de délivrance des certificats d’exercice de l’activité semencière ; se fera à compter du 1er août 2023 ». Il précise que les modalités de paiement sont : le versement en espèces dans les guichets des trésoreries générales, des recettes des finances, et des perceptions ou de la paierie spécialisée auprès du ministère de l’Agriculture et du développement rurale contre délivrance d’une quittance ; le virement bancaire au profit de la paierie spécialisée auprès du Minader.

Par ailleurs, le Minfi est muet sur la raison de la fermeture de ce compte spécial. Cependant, des sources concordantes indiquent que le fonds a fait l'objet d'un détournement financier. En effet, le Collectif des Pépiniéristes et Semenciers du Cameroun (CPSC) a organisé un sit-in devant le Ministère de l'Agriculture et du Développement Rural du 20 au 23 avril 2021, pour exiger la résolution de la délinquance dans la production des semences et des plants. Les pétitionnaires réclamaient « le paiement des arriérés dus aux pépiniéristes cacao-café de 2013 à 2016, 2019 et 2020 sur fonds FODECC ». Leur déblocage étant soumis à « l’autorisation du Président de la République ». Leur libération nécessite "l'approbation du président de la République". Le CPSC appelait également au règlement des « des arriérés des acteurs des autres spéculations », telles que les bananes plantains, les pommes de terre, le maïs et le palmier à huile. Depuis lors, il n'y a pas eu de nouvelles du fonds.