Peu après l'annonce des résultats de l'élection présidentielle, un groupe de plus d'une douzaine de militaires gabonais ont annoncé l'annulation de l'élection et la dissolution de l'organisation. Un coup d'État survenu un peu plus d'un mois après celui du 26 juillet qui a destitué le président élu du Niger, Mohamed Bazoum. Ce coup de force militaire au Gabon est le premier en Afrique Centrale en 10 ans.

Suite à cet incident, de nombreuses réactions de la communauté internationale fusent. D’abord la France qui condamne ce putsch. En effet, lors d'une traditionnelle réunion d'ambassadeurs à Paris, si la Première ministre Elisabeth Borne a d'abord laissé entendre que le gouvernement français surveillait la situation avec « la plus grande attention », par la suite, en milieu de journée précisément, une position plus ferme a été prise. Selon Olivier Véran, le porte-parole du gouvernement, la France « condamne le coup d’Etat militaire qui est en cours ». Et d’ajouter que, Paris « souhaite le respect du résultat des élections ».

La Chine quant à elle suit attentivement l’évolution de la situation et a appelé « au retour immédiat à l’ordre normal, et à garantir la sécurité personnelle d’Ali Bongo ».

La Russie pour sa part a indiqué suivre la situation au Gabon avec une « profonde préoccupation ». L’ambassade de Russie à Libreville affirme que «la situation dans la capitale gabonaise est désormais calme et qu’il n’y a aucune menace pour la représentation diplomatique ».

Ali Bongo Ondimba a été élu en 2009 après le décès de son père. Ses quatorze années à la présidence du Gabon ont été marquées par plusieurs luttes pour consolider son pouvoir. Malgré les luttes électorales et les coups durs, l'héritier de la « dynastie Bongo » a réussi à rester chef de l'État, et ses partisans en sont venus à le considérer comme un phénix ressuscité de ses cendres.